分子蒸馏（md）是美国希克曼博士首次开发的这种新型液-液剥离技术，特别适用于高沸点、热敏性和易氧化的天然产物。分子蒸馏的剥离是依托于成分挥发度的差异，根据分子热运动基础理论，液体混合物的分子结构遇热运动会加重，受到充分的能量就会变成气体分子结构从液位脱离，随着液位上方气体分子结构的增加，一部分气体回到液位，当外部气温保持一定时，最终达到分子热运动的稳定平衡。差异分子结构的有效直径差异,其均值自由度差异,逃离液体表面后的飞行距离与其他分子结构差异。轻分子结构平均自由度大，重分子结构平均自由度小。如果将冷却面设定在液位小于轻分子结构的平均自由度、高于重分子结构的平均自由度的位置，则轻分子结构会落入冷却面而被冷却，重分子结构无法到达冷却面，因此会恢复到原来的液位，破坏轻分子结构的稳定平衡，轻分子结构持续逃逸，重分子结构无法到达冷却面，因此会迅速趋向稳定平衡。由此，蒸馏成分中差异成分被剥离。
分子蒸馏是由于蒸馏过程中冷却真空系统的持续真空系统的持续萃取而形成的这种持续蒸馏萃取操作。使一整个蒸馏系统处于高真空状态，使剥离混合物的沸点远低于常压，各成分在系统中热滞留的时间短，因此分子蒸馏技术特别适合于剥离高沸点、粘度大的热敏天然材料。
